Le Coup de Cœur du Public de Besançon reste le prix historique du festival. Les spectateurs sont invités à donner par écrit – sur des bulletins distribués avant chaque séance de long-métrage en compétition – leur coup de cœur, avec une note allant de 1 à 10 sur le film présenté. Les notes seront compilées et pondérées pour arriver à identifier le film préféré du public bisontin qui sera dévoilé à la soirée de clôture et projeté avec un droit d’entrée modique le dimanche 16 novembre à 16h00.

1996 : Le Grand blanc de Lambaréné, réalisé par Bassek Ba Kobhio

2003 : La Caméra de bois, réalisé par Ntshavheni Wa Luruli

2004 : Les Yeux secs, réalisé par Narjiss Nejjar

2005 : L'enfant endormi, réalisé par Yasmine Kassari

2006 : Bamako, réalisé par Abderrahmane Sissako

2007 : Ezra, réalisé par Newton Aduaka

2008 : Mascarades, réalisé par Lyes Salem

2009 : Hassan et Morkos, réalisé par Rami Emam

2010 : Teza, réalisé par Haile Guerima

2011 : Le Secret de Chanda, réalisé par Oliver Schmitz

2012 : Les Chevaux de Dieu, réalisé par Nabil Ayouch

2013 : C'est Eux les Chiens, réalisé par Hicham Lasri